一、無菌室使用前打開紫外線燈滅菌40分鐘，進入無菌室時關閉紫外線燈、空調。操作完畢后再打開紫外線燈滅菌20分鐘。
二、無菌室設有緩沖間和無菌間，進入無菌室前應用肥皂或消毒液洗手消毒。
三、實驗專用工作服和拖鞋掛放/擺放在緩沖間，每天經紫外線消毒。進入無菌室時必須換上專用工作服和拖鞋。工作服和拖鞋每個周日清洗，特殊情況隨臟隨洗。
四、需帶入無菌室的器械、培養皿等物品，均需包扎嚴密并經過充分滅菌。
五、實驗中需要的滅菌干燥物品盡量在滅菌前送入無菌間進行表面殺菌。其它物品和藥品通過緩沖窗遞入。從緩沖窗遞入時，內窗不能打開；外窗關閉后，內窗才能打開取物品。遞出反之。嚴禁空氣對流產生交叉污染。或者把物品放在緩沖間，然后轉移到無菌間。
六、未經允許非本室人員不得進入無菌室，無菌室內禁止會客、吸煙、進食；禁止帶入任何與工作無關的書籍、物品；無菌室內物品擺放整齊，嚴禁堆放雜物。
七、無菌室內應保持肅靜，禁止高聲談笑，以防止因疏忽造成意外事故或錯誤。
八、每次實驗前應檢查各相關儀器設備(電子天平和均質器)是否處于正常使用狀態。
九、每次實驗前應認真核對標本的編號、順序、數量以及所用藥品和其它物品的滅菌日期。遵循“先進先出”的原則使用。嚴防滅菌器材和培養基污染，已污染者應停止使用。
十、無菌室每月一日檢查空氣落菌數(取3-5個培養皿暴露30分鐘)。平均每個培養皿不得超過10個菌落。
十一、每次實驗后及時清理無菌室，每個周日用75%酒精或0.5%次氯酸鈉溶液消毒清潔，清潔消毒次序為從上而下，從左而右，先里后外，以保證無菌室的潔凈。
十二、每次實驗后及時切斷電源、關閉門窗，檢查所有儀器設備處于正常安全狀態。
十三、實驗后的剩余樣品、藥品等應妥善處理。廢棄培養皿、菌液等集中經121℃30分鐘高壓滅菌后洗刷或丟棄，防止隨意丟棄造成環境污染。